فتحالله مجتبایی در ۱۸ آذرماه ۱۳۰۶ش، در تهران ولادت یافت. جد و نیای ایشان از بزرگان صوفیه طریقت نعمتاللهی بودند. پدر بزرگ او، یعنی مرحوم سرور علی شاه، معروف به میر سیدعلی مستوفی تفرشی از مشایخ سلسله شاه نعمتاللّهی بود.
